Das Präsidium der INTOSAI besteht aus 18 Mitgliedern und tritt während der Zeit zwischen den Kongressen in der Regel einmal jährlich zu Tagungen zusammen. Im Interesse einer ausgewogenen Sitzverteilung sind alle sieben Regionalen Arbeitsgruppen sowie Repräsentanten der wichtigsten Finanzkontrollsysteme im Präsidium vertreten.

Die INTOSAI Entwicklungsinitiative sowie die Internationale Zeitschrift für staatliche Finanzkontrolle sind ebenfalls mit einem Sitz im Präsidium der INTOSAI vertreten.

Der Leiter der ORKB des Landes, in dem der letzte Kongress abgehalten wurde, ist Vorsitzender des Präsidiums.